另外，统一专利不需要向不同各个国家的专利局缴纳年费，而是向欧洲专利局缴纳单一的年费，这能够降低管理费用、当地代理服务费等。统一专利的年费是根据参与的成员国中前四名的年费的组合年费设置的。因此，与在统一专利覆盖的国家中的四个或更多个对传统欧洲专利进行生效的方式相比，申请统一专利可以降低年费成本。对于统一专利体系之外的国家，仍然可以采用传统的生效方式。
在另一方面，如前文所述，统一专利法院对统一专利拥有专属管辖权，可以对所有缔约国的统一专利作出统一判决。统一专利法院的统一执行可以简化程序，降低平行诉讼的成本，增强法律确定性，并消除了不同法院做出相互冲突的决定的可能性。
祸兮福之所倚，福兮祸之所伏。与统一专利为申请人带来的以较低的成本在较大的范围内获得专利权的优势相对的，统一专利体系也存在灵活性低的劣势。灵活性低首先体现在费用方面，统一专利生效的地域范围一经注册，在其整个生命周期内保持不变。也就是说申请人后期无法通过放弃某个国家的专利保护来部分地降低年费成本。另外，如果申请人希望在统一专利体系覆盖的国家中的三个或更少个国家获得专利保护，统一专利体系将导致更高的年费。在执行方面，灵活度低体现在为所有成员国对统一专利进行统一的转让、限制、无效和诉讼，无法在某一个成员国选择不同的策略，无法灵活应对专利权益在各个国家所面对的法律风险。例如，在当前欧洲专利制度下，专利权人能够战略性地在某些国家中排除部分权利要求的保护，甚至完全避免在某些国家寻求注册生效，以减少竞争者对国家专利提出挑战的风险。而这种灵活性在统一专利中是不可行的。
此外，统一专利法院尚处于发展阶段，与欧洲其他法律的兼容性不明确。早期很难预测诉讼的成功率或可能的结果。而专利的统一效力一经登记，不能选择退出。
五、申请策略的建议
从成本及覆盖范围的角度来看，如果申请人希望在统一专利法院协议地域覆盖范围内的四个或四个以上的国家获得专利保护，那么可以请求统一效力，以降低成本。同时，如果申请人希望在统一专利法院协议地域覆盖范围之外的国家获得专利保护，可以考虑统一专利+国家生效的策略。但如果申请人希望在统一专利法院协议地域覆盖范围内的四个以下的国家获得专利保护，那么可以考虑国家生效策略，以降低成本。
因此，对于准备在欧洲提交专利申请的申请人可以基于申请成本与目标保护地域的对比，从成本的角度来选择是否申请欧洲统一专利。
而对于已经拥有审理过程中的欧洲专利申请的申请人，则可以根据自己的情况，选择提前请求统一专利效力、请求延迟授权或者选择退出。
从专利稳定性和诉讼的角度来看，如果专利的稳定性高、专利被集中无效的概率低、侵权诉讼成功率高，则可以选择统一专利的策略，以减少维护成本以及针对应对无效在不同国家的平行诉讼成本。对于自己的核心专利，以传统方式进行国家生效或者选择退出统一专利法院管辖可能更有利，因为这显然避免了专利被集中无效的风险。
因此，对于拥有传统欧洲专利的专利权人，当处于防御态势时，可以将选择退出作为防御措施，以避免其专利在统一专利法院的无效诉讼中被轻易地在各个国家变为无效。选择退出的一个因素也可能是专利权人对其专利在未知法律环境中将受到的考验所产生的忧虑。专利权人也可以战略性地选择退出然后再撤回选择退出。例如，从诉讼中的防御态势转变为进攻态势。但是请注意，专利权人只有一次选择退出的机会。当然，对其专利稳定性有信心的专利权人也能够通过统一专利法院从一次统一的捍卫其专利免于被无效的诉讼中受益。
而对于自己不拥有专利但涉及侵权诉讼的当事人，同样也可以利用上述规则。比如，通过针对高价值统一专利提出无效请求以最大化进攻强度，或者通过提前诉讼来阻止专利权人将传统欧洲专利选择退出以调整其专利布局的可能。