真菌病害占作物病害种类的一半以上，病原真菌是目前已知种类最多的作物病原菌。从作物根际与/或体内分离筛选具有生防活性的微生物，并应用于病害的防控，是除作物品种改良与化学防治外的另一种高效的病害防控策略。
华南农业大学群体微生物研究中心采用平板对峙法，初步筛选对病原真菌具有拮抗能力的甘蔗叶片内生细菌，通过16S rRNA基因测序鉴定其种属；进一步检测候选拮抗内生细菌对甘蔗鞭孢堆黑粉菌致病发育过程关键步骤：有性配合/菌丝生长、冬孢子萌发的抑制率，田间试验检测其对甘蔗鞭黑穗病的防治效果；检测候选拮抗内生细菌对稻梨孢菌附着胞形成、离体叶片及盆栽条件下叶片病斑形成的抑制作用。
结果表明，分离自甘蔗叶片的细菌菌株，编号为CGB15，经分子鉴定为解淀粉芽孢杆菌。CGB15菌株能有效抑制甘蔗鞭孢堆黑粉菌有性配合/菌丝生长，对峙培养条件下使真菌菌落呈现光滑；抑制冬孢子萌发，抑制率为(89.01±0.12)%。CGB15对甘蔗鞭黑穗病的田间相对防效达到48.65%。另一方面，CGB15发酵上清液显著抑制稻梨孢菌附着胞形成，抑制率为(93.55±1.11)%，且在离体叶片和盆栽水稻幼苗接种条件下均能抑制叶片病斑形成，推测CGB15能产生并分泌抑制稻梨孢菌细胞分化与致病性的活性物质。
综上，分离自甘蔗叶片的内生解淀粉芽孢杆菌CGB15对于甘蔗鞭黑穗病、稻瘟病的防控具有潜在应用价值。
另据云南农业大学省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室报道，解淀粉芽孢杆菌JK10通过产生对蓝莓根癌病菌有抑制活性的物质，稳定定殖在蓝莓根际土及蓝莓根、叶组织中，改变蓝莓根内生细菌的群落结构而达到防治蓝莓根癌病的目的。
北京农学院生物与资源环境学院/农业农村部华北都市农业重点实验室报道，解淀粉芽孢杆菌TR2处理对草莓根际土壤脲酶活性和蔗糖酶活性的促进作用较好，草莓的根长、根重、叶面积和最大单果重等各项生长指标都优于对照组。同时有利于降低根腐病的发病率，防效在25%左右。
甘肃农业大学植物保护学院甘肃省农作物病虫害生物防治工程实验室报道，解淀粉芽孢杆菌TS-1203对苹果炭疽叶枯病菌具有良好的抑制作用，其发酵液处理苹果离体叶片后接种炭疽叶枯病菌,其防效为70.1%。
截至目前，在我国作为农药登记的解淀粉芽孢杆菌产品达到12个，登记作物和防治对象已包括水稻稻瘟病、草莓灰霉病等，但尚未在甘蔗、蓝莓、苹果等作物上登记，详情如下。
