为筛选并鉴定对苦瓜枯萎病具有生防应用潜力的拮抗菌株，河南农业大学植物保护学院研究人员南阳桐柏山景区采集土壤样品，先通过梯度稀释涂布平板法分离、纯化获得细菌纯培养，再通过平板对峙培养法筛选获得1株对植物病原菌具有稳定抑菌活性的拮抗菌株TB17。分别测定其形态学特征和生理生化特征，并结合16S rRNA基因序列，将菌株TB17鉴定为短短芽孢杆菌。
平板对峙试验结果表明，菌株TB17对苦瓜枯萎病菌生长抑菌率为49.03%，其稀释5倍和10倍的无菌发酵滤液对苦瓜枯萎病菌生长抑制率为63.96%和54.95%。拮抗谱测定结果表明，菌株TB17对苦瓜枯萎病菌、玉米大斑病菌、苹果轮纹病菌、小麦全蚀病菌等7株靶标菌都具有一定的拮抗活性。短短芽孢杆菌菌株TB17可以促进苦瓜生长，并对苦瓜枯萎病表现出良好的防治效果，其防效达76.92%。
另据陕西科技大学食品与生物工程学院报道，以短短芽孢杆菌为研究材料，采用硫酸铵分级沉淀、DEAE-52阴离子交换层析、Sephadex G-100、SDS-PAGE和HPLC-MS/MS等方法对其所产的抗菌蛋白进行分离纯化及鉴定，结果显示该抗菌蛋白是一种分子量为32kDa的鞭毛蛋白。进一步对其抗菌性能进行研究，发现该抗菌蛋白的抑菌谱较广，可抑制常见的食源性致病菌和植物病害真菌，为植物生防试剂和新型天然食品防腐剂的开发及应用奠定了理论基础。
福建省农学院农业生物资源研究所报道，喷施不同浓度短短芽孢杆菌FJAT-0809-GLX发酵液，能促进番茄和辣椒幼苗生长，其中稀释500倍对番茄幼苗的促生效果最好，稀释10倍对辣椒幼苗的促生效果最好。
截至目前，短短芽孢杆菌尚未作为农药在我国登记。