随着北京市高级人民在判决中直接宣告专利无效的创新探索之路的开启，相关行政机关意识到这条道路的深入发展将会对自身权力带来一定的限制。于是，在专利复审委员会的提议下，北京市高级人民法院和专利复审委员会于2005年1月13-14日，在知识产权培训中心召开了“2005专利复审与行政诉讼研讨会”，会议将此问题作为一个重要的议题来讨论，对于法院直接宣告专利无效的判决，赞成者与反对者各持己见。专利复审委员会的同志在《行政权应保证完整行使》的发言中指出，法院直接对专利权效力作出判决，给“专利复审委员会在执行判决上造成操作困难及理论上的困惑”。具体体现在四个方面：“在我国现有法律框架内，行政诉讼的起诉受理、应诉答辩、判决执行等各个程序都要受到行政诉讼法及其相关司法解释的约束。根据我国的行政诉讼法第五十四条的规定：我国行政诉讼的判决方式分为维持判决、撤销判决、履行判决、变更判决四种。而在其若干问题的解释里面又增加了确认判决和驳回诉讼请求两种判决方式。可见法院作出的以上判决并不是完全遵照行政诉讼法及其若干问题的解释对判决形式的相关规定而作出的，在我们认知的范围内还不能找到法律上的依据，应当算是对现有法律规定的一种突破。由于我国是执行条文法的国家，立法权、司法权、行政权的主体不同，司法、行政都应在现有法律的框架下进行。司法机关的司法活动更应该在这方面为公民树立起榜样。“按照我国现行的专利法的规定，宣告一专利权无效是专利复审委员会的职责。......专利复审委员会是法律授权负责宣告专利权无效的国家机关，而在行政诉讼中，法院的司法审查只能认定专利复审委员会作出的该行政行为是否合法，如合法，应予以维持，如违法，应予以撤销，责令重新作出行政行为。而司法机关利用其司法权对该具体行政行为的代为行使有值得商榷之处。行政诉讼不单纯能够解决行政争议，还能通过诉讼实现人民法院对行政机关的监督，实现司法权对行政权的制约。但是其监督和制约并不应使司法权直接决定行政权的大小和行政权应当如何行使，也不应干扰、代行行政权。“是由于行政机关在处理专业问题上具有上述不可比拟的优势条件，法律授权其对该领域专业问题作出审理结论并且该结论具有既判力也就是顺理成章的事了。虽然出于对行政权监督制约的需要，行政相对人对行政机关作出的具体行政行为不服可以起诉到法院寻求救济，并且通过司法审查，能够实现司法权对行政权的制约和监督，但是我们觉得这种制约关系根本上还应是支持关系”。（2）导致专利复审委员会在执行判决时面临操作上的困难“按照正常的法律程序，当行政机关的具体行政行为被法院经过审查，予以撤销后，该行政机关应当重新作出行政行为，并且该行政行为的作出要受到生效判决的羁束。但是由于法院做出的判决已经将涉案专利权宣告无效，复审委员会是否还要再作出一份无效宣告审查请求决定，重新宣告该专利权无效？还是直接将该判决交由国务院专利行政部门登记和公告而不再作出决定？如果按第一种操作方法，由于该专利权已经被法院的生效判决宣告无效，复审委员会作出一份决定将其重新宣告一次，同一个专利权被两次宣告无效，这样会让公众感到我国的司法执法很不严肃；而如果按照第二种操作方法，将生效的判决直接交到国务院专利行政部门登记和公告，而该部门却不是复审委员会，就相当于在实质上作为被告的专利复审委员会并没有去执行该判决，这也有违于法律的权威性。”[4]“按照我国现行法律框架的规定：当事人对复审委的决定不服可以向有管辖权的法院起诉，对一审判决不服再上诉。而（2003）高行终字第60号判决直接将该专利权无效将使专利权人失去两级救济的机会，直接剥夺其救济的权利着实有些不妥。”“由于我国的专利无效宣告程序是在请求人提出无效宣告请求才开始启动的，属于‘不诉不理’，而不是举报制度抑或依职权主动审查原则。在法院作出判决撤销专利复审委会的决定，并责令其重新作出决定后，在专利复审委员会作出决定前这一段时间里，客观情况往往会发生变化，为了达到各自的目的，本案的无效宣告请求人由于和专利权人达成和解等原因而撤回该无效请求，意图通过维持该专利权，进而利用排他使用而获利。那么该无效宣告请求审查程序则应终止，其结论是维持该专利权有效。这种情况该专利权仍然存在，而法院的判决将其宣告无效而导致请求人在无效宣告程序中撤销请求权的丧失，使请求人与专利权人在一定条件下达成和解共同排他使用该专利的美好愿望化为泡影。”[5]
研讨会上，专利复审委员会许洁玲作了《关于法院专利复审委员会决定的生效判决的执行问题》的发言。但是，在这次研讨会上，专利复审委员会同志的发言观点基本没有得到与会法官的赞同与认可，双方各执己见。
尽管专利复审委员会针对创新探索表示不满，并且提出了相关意见，但是这并没有阻止人民法院的探索之路。在北京市高级人民法院民三庭发出《关于规范专利无效行政案件裁判文书主文的意见（试行）》之后，北京市第一中级人民法院审理的专利无效行政案件中开始大量出现确认专利权效力的判决。检索发现， 2006-2007年受理的专利无效行政案裁判文书中可以找到很多确认专利权效力的判决。（1）2005年12月20日，北京市第一中级人民法院作出（2005）一中行初字第768号行政判决书。法院认为：从综合判断的角度观察，虽然本专利与对比文件的整体形状非常近似，但二者的差别是明显的，一般消费者容易区分，故二者不属于相同或者相近似的设计，遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第7027号无效宣告请求审查决定；二、维持第03320680.5号“电子冷热保温箱（CW－317）”外观设计专利权有效。（2）2006年1月6日，北京市第一中级人民法院作出（2005）一中行初字第249号行政判决书。法院认为：由于不能确认用以评价本专利创造性的对比文件附件1和附件2的真实性，被告以本专利相对于该两份对比文件的结合没有创造性为由宣告本专利权无效没有事实根据，本院不予支持，遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第6584号无效宣告请求审查决定；二、维持第97123375.6号“二键红外遥控鼠标器”发明专利权有效。（3）2006年6月20日，北京市第一中级人民法院作出（2006）一中行初字第203号行政判决书。法院认为：虽然本专利与对比文件的整体形状基本相同，但二者的筒体图案不相同，整体视觉效果也具有显著差异。本专利与对比文件不相同也不相近似，遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第7698号无效宣告请求审查决定；二、维持00326432.7号“易开方形罐头盒”的外观设计专利有效。（4）2006年6月20日，北京市第一中级人民法院作出（2006）一中行初字第327号行政判决书。法院认为：本专利权利要求具有创造性，遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第7798号决定；二、维持名称为“干熄焦除尘设备”（专利号00256971.X）的实用新型专利权有效。（5）2006年11月30日，北京市第一中级人民法院作出（2006）一中行初字第630号行政判决书。法院认为：本专利符合专利法第二十二条第三款规定的创造性，遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第8085号无效请求审查决定；二、在第01125315.0号发明专利权利要求1-6和8的基础上，维持第01125315.0号发明专利权有效。（1）2006年3月20日，北京市第一中级人民法院作出（2006）一中行初字第124号行政判决书。法院认为：用于宣告专利权无效的对比文件真实性可以认定，该对比文件公开发布时间早于本专利申请日，导致本专利权利要求的新颖性受到破坏并丧失，遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第7847号无效宣告请求审查决定；二、第00265350.8号“工地照明车”实用新型专利权全部无效。（2）2006年8月2日，北京市第一中级人民法院作出（2006）一中行初字第593号行政判决书。法院认为：本专利权利要求缺少必要技术特征。遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第7849号无效宣告请求审查决定；二、宣告96230279.1号名称为“高压万向黄油枪”的实用新型专利权无效。（3）2007年2月8日，北京市第一中级人民法院作出（2006）一中行初字第1029号行政判决书。法院认为：将本专利与对比文件相比较，两者属于相近似的外观设计，遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第8284号无效宣告请求审查决定；二、宣告03367280.6号名称为“瓶贴（今朝美庄园干红葡萄酒）”的外观设计专利权无效。（4）2007年2月8日北京市第一中级人民法院作出（2006）一中行初字第1027号行政判决书。法院认为：本专利与对比文件相比，二者外观设计相近似，本专利不符合专利法第二十三条的规定，其专利权应属无效，遂判决：一、撤销被告国家知识产权局专利复审委员会作出的第8322号无效宣告请求审查决定；二、宣告03307290.6号瓶帖外观设计专利权无效。据统计，从《专利法》实施尤其是《专利法》第二次修改之后，起诉到人民法院的专利权无效行政案件虽然每年数量在上升，但绝对数量并不大。在这些案件中，通过法院一审、二审，最终撤销无效决定的数量更少。尽管数量少，但如果均判决专利复审委重做决定，专利复审委员会必然会重新组成审理组，作出决定。当事人若不服仍可向法院起诉，法院要重新组成合议庭审理。这样一来，不仅浪费行政资源、司法资源，也会使专利权长期处于不稳定状态，拖延相关的专利侵权诉讼的审限。而一旦由法院直接做出专利权效力的判决，这些问题就迎刃而解了。根据最高人民法院对专利权案件管辖权分工的司法解释规定，所有涉及专利权无效行政案件均在北京市中、高两级法院审理，法院与专利复审委员会之间为了更好地执行《专利法》，保护专利权，统一专利确权和认定专利权效力的标准，适时进行业务交流是无可厚非的。交流观点看法是为了统一认识，但并非法院与行政机关一定要保持一致，司法应该有最高的、最终的审判权力。在法院能不能直接对专利权效力作出判决的问题上，北京市高级人民法院与专利复审委员会经过2002年、2003年和2005年三次交流之后，实际上并没有形成统一的意见。在这种情况下，专利复审委员会开始与最高人民法院知识产权庭协商交流，希望其观点得到最高人民法院知识产权庭的支持。当撤销专利复审委员会的决定后专利权明显应当被维持有效、部分有效或者宣告无效的，人民法院能否在判决主文中直接对涉案专利权的效力做出判断，是近年来专利无效行政诉讼中一个较有争议的问题。过去的一般做法是仅判决撤销专利复审委员会的决定或者附加判决专利复审委员会重作行政决定。北京市高级人民法院民三庭和北京市第一中级人民法院民五庭近期在部分专利行政案件中尝试直接就涉案专利的有效性问题在判决主文中作出宣告。许多专家希望最高人民法院能够通过个案或者司法解释对此问题予以明确。从知识产权报对这次研讨会的报导可知，赞成法院直接判决专利权效力的专家提出的主要理由仍然是北京市高级人民法院民三庭发出《关于规范专利无效行政案件裁判文书主文的意见（试行）》中表述的由法院直接判决维持本专利有效或宣告本专利无效的理由。主要是：（1）法院直接判决专利权的效力符合司法救济的效益原则，有利于节约行政、司法资源。（2）有利于协调判决主文同判决理由的关系，维持生效判决的权威性。（3）有利于相关民事诉讼案件的审理。（4）符合国际惯例。除此之外，还有一点是：（5）专利权是一种私权，对私权之有无和归属的判断，属于司法权行使的当然职能，法院直接判决专利权的效力没有损害当事人和专利复审委员会的权益，相反切中了当事人争议的焦点，在近几年的司法实践中专利权人也并不反对这种判决方式。也有专家反对法院直接判决专利权的效力，主要理由是：（1）法院直接判决专利权的效力的判决方式没有法律依据。行政诉讼法第54条规定的判决方式有维持判决、撤销判决、履行判决和变更判决四种，行政诉讼法司法解释增加了确认判决和驳回诉讼请求两种判决方式。法院直接判决专利权的效力，是对现有规定的突破。（2）法院直接判决专利权的效力会导致司法权与行政权之间的界限模糊不清。司法审查的对象是专利复审委员会作出一项决定是否符合法律的规定，即对具体行政行为的合法性进行审查，不能代行行政机关的职权而为具体行政行为。（3）在处理专业问题上行政机关具有优势条件，司法机关对行政机关虽然有监督制约的职能，但司法机关通常应当尊重和支持专业行政机关得出的结论。（4）法院直接判决专利权的效力后如何执行判决也面临操作上的困难，如果由专利复审委员会再作出一次决定重新宣告一次，等于同一专利被两次宣告无效；如果直接将生效判决交国务院专利行政部门登记和公告而不是以专利复审委员会的名义，则是专利复审委员会未执行判决，有损法律的权威。（5）法院直接判决专利权的效力将使当事人尤其是专利权人失去两级程序救济的机会，也会导致无效请求人在无效宣告程序中撤回其请求的撤诉权消失。“还有专家认为，对法院能否以及如何在判决中对专利效力进行判定，除涉及现行法律规定外，还涉及这类案件的诉讼性质（本质上是解决当事人之间的私权争议）、诉讼规律和诉讼原理（专利复审委员会居中裁决）及未来的发展方向等，有必要继续进行深入研究论证。但至少法院可以作出指示性的判决，即仅在判决理由中对涉案专利的实质性条件等问题作出评价，在判决主文部分明确判令专利复审委员会限期重作决定”。[6]我们不清楚这次研讨会上具体是如何争论的，但从公开报道看，与会专家对此问题的看法也是不一致的。对法院直接判决专利权效力的做法赞同的与反对的人都有，但相信会议的组织方对此问题通过讨论取得了一定的共识。
值得关注的是随后《审查指南》的修改变化。2006年5月24日，新修改的《审查指南》发布，于2006年7月1日起施行。在“关于审查决定被法院生效判决撤销后的审查程序”中规定：“（1）复审请求或者无效宣告请求审查决定被人民法院的生效判决撤销后，专利复审委员会应当重新作出审查决定。（2）因主要证据不足或者法律适用错误导致审查决定被撤销的，不得以相同的理由和证据作出与原决定相同的决定。（3）因违反法定程序导致审查决定被撤销的，根据人民法院的判决，在纠正程序错误的基础上，重新作出审查决定”。在《审查指南》“7.2 决定的登记和公告”中规定：根据专利法第四十六条第一款的规定，专利复审委员会作出的宣告专利权无效的决定（包括全部无效和部分无效）生效后，由国家知识产权局登记和公告。[7]也就是说，专利无效决定被人民法院撤销后，不论法院是否判决令专利复审委员会重新作出行政决定，专利复审委员会都要重新作出行政决定。
尽管没有统计过2003年6月至2008年期间，北京市第一中级法院和北京市高级人民法院总共在多少件案件中直接判决了专利权效力，粗略计算几十件是有的。这些案件判决后，在当时很少见到案件当事人不服向最高人民法院进行申诉的例子。只是在2005年初有一件由专利复审委员会向最高人民法院提出申诉的案件，引起了最高人民法院知识产权庭的重视，经过最高人民法院与专利复审委员会在2006年3月共同组织召开相关问题研讨会[8]之后，最高人民法院最终作出了扭转北京市中、高两级法院直接判决专利权效力的判决。这个案件的大体案情如下：再审申请人专利复审委员会因与如皋市爱吉公司、王玉山实用新型专利无效行政纠纷一案，不服北京市高级人民法院于2004年9月29日作出的(2004)高行终字第95号行政判决，于2005年2月2日向最高人民法院院申请再审。2007年4月30日，最高人民法院院以(2005)行监字第20－1号行政裁定，决定提审。2008年5月20日，最高人民法院审结再审案件，作出（2007）行提字第3号行政裁定书。本案涉及名称为“清洁器吸棉管废棉截留装置”实用新型专利，专利权人为王玉山。爱吉科公司以本专利权的授予不符合专利法第二十二条的规定为由，于2001年4月4日向专利复审委员会提出无效宣告请求，认为本专利的技术方案不具有新颖性和创造性。专利复审委员会于2003年3月26日作出第4988号无效宣告请求审查决定，宣告该实用新型专利权的权利要求1-9无效，维持权利要求10有效。爱吉科公司不服专利复审委员会第4988号决定，向北京市第一中级人民法院提起诉讼。北京市第一中级人民法院经审理认为：专利复审委员会对此认定是正确的。于2003年11月28日以（2003）一中行初字第522号行政判决书判决:维持被告专利复审委员会作出的第4988号无效宣告请求审查决定。爱吉科公司不服一审判决，在法定期限内向北京市高级人民法院提出上诉。北京市高级人民法院经审理认为：一审判决和专利复审委员会作出的第4988号无效决定，认定事实有误，予以纠正。于2004年9月29日以（2004）高行终字第95号行政判决书判决：一、撤销北京市第一中级人民法院（2003）一中行初字第522号行政判决；二、撤销专利复审委员会作出的第4988号无效宣告请求审查决定；三、第98248629.4号“清洁器吸棉管废棉截留装置”实用新型专利权无效。专利复审委员会不服二审判决，向最高人民法院提出再审申请。理由有三条，其中第三条是：二审判决直接判决本专利无效没有法律依据。对于专利无效纠纷案件的判决方式不能超越行政诉讼法及其司法解释的规定。维持专利权有效或者宣告专利权无效是法律赋予专利复审委员会的专有职权。二审法院的这种判决方式也导致专利复审委员会执行判决时在登记和公告环节上的实际操作困难。爱吉科公司答辩称，二审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。原审第三人王玉山在本院再审中经依法传唤未到庭参加诉讼。[9]最高人民法院经审理认为，本案涉及的主要问题有三个:企业标准备案是否当然构成专利法意义上的公开；二审判决是否超出了无效审查决定的审查范围；法院直接判决宣告专利权的效力是否具有法律依据。对第三个“法院直接判决宣告专利权的效力是否具有法律依据”问题，最高人民法院认为：根据我国行政诉讼法的规定，即使专利复审委员会的决定错误，法院也不能直接予以变更，只能判决撤销或者一并要求重作决定。在判决主文中直接对涉案专利权的效力作出宣告判决，超出了行政诉讼法及其司法解释有关裁判方式的规定，缺乏充分的法律依据。在现行的行政诉讼法律框架下，人民法院审理专利无效纠纷案件，应当依法按照合法性审查原则，对所争议专利权是否符合专利法规定的专利授权实质性条件等问题作出判断。但对于宣告专利权有效性问题，仍应遵循现行法律规定的裁判方式进行。专利复审委员会有关本案二审法院直接判决本专利无效缺乏法律依据的申请再审理由，应予支持。本案无效请求人在专利复审委员会无效宣告审查程序、行政诉讼程序和本院再审程序中均主张本专利不具备创造性，专利复审委员会和一审法院均对该无效理由进行了审查并认为本专利具备创造性；二审法院则因认定本专利不具备新颖性而未就其创造性问题作出评判。二审法院的这种处理方式本无明显不妥，但在本院已经认定二审法院有关本专利新颖性认定有误的情况下，二审判决即属于《最高人民法院关于执行<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》第八十条第（五）项有关审理再审案件中发现生效裁判“对与本案有关的诉讼请求未予裁判的”的情形，依法应当由作出生效裁判的法院重新审理。综上，本案当事人所争议的企业标准备案本身并不构成专利法意义上的公开，本案二审判决对此认定事实错误；在无效请求人未明确单独以涉案企业标准备案为由主张本专利丧失新颖性、专利复审委员会也未就此予以审查并作出决定的情况下，二审判决对此直接予以审查认定，超出了行政诉讼司法审查范围，属于违反法定程序。同时，二审判决在认定本专利丧失新颖性的基础上未审查专利的创造性，在本院认定本专利具备新颖性的情况下，应当由二审法院继续对创造性问题作出审查判断，遂裁定：一、撤销北京市高级人民法院（2004）高行终字第95号行政判决；二、本案发回北京市高级人民法院重审。
这个案件针对的实用新型专利，从2001年4月4日提出无效宣告请求，专利复审委员会于2003年3月作出权利要求1-9无无效，权利要求10有效的行政决定。一审法院2003年11月作出维持行政决定的一审判决，二审法院2004年9月判决专利权无效，到2008年5月最高人民法院再审发回北京高级法院重审，过去了整整5年多的时间，而这并没有结束，依照最高人民法院的再审判决，北京市高级人民法院应该重新审理，重新作出维持一审判决、维持行政决定的判决，之后再由专利复审委员会依据北京高级法院的判决重新做出无效宣告决定。当然，对专利复审委员会重新做出的无效宣告决定，专利权人和无效宣告请求人任何一方当事人不服，仍可再次向北京市第一中级法院提起行政诉讼。当事人如不服一审判决，仍可向北京市高级人民法院提起上诉。这种繁琐的程序寻求的结果是真正的公正吗？这就是专利制度中设置解决涉及专利权效力问题的初衷吗？
北京市高级人民法院在2003年作出直接确认外观设计专利权无效的判决，在当时是根据司法审判实际需要进行的一个创新、一种探索。随后，一方面与专利复审委员会进行了三次研讨，另一方面，总结下发了涉及法院审理专利权无效案件判决主文表达的意见，目的是统一司法标准，而不是任意作出判决。从当时北京市中、高级法院判决的几十件相关案件结果看，社会效果是好的，其作法是有积极意义的。直至2008年最高法院通过再审判决制止了北京市中、高两级人民法院的作法，其认为，法院直接判决专利权效力的法律依据不足，使这场曾在《专利法》2008年第三次修改时达到高峰的争论，由于法院部分认识不一最终导致司法判决的探索止步不前。
注释：
1.参见1985年2月16日《最高人民法院关于开展专利审判工作的几个问题的通知》第二条。
2.1995年5月17日北京市高级人民法院决定撤销原北京市中级人民法院，组建北京市第一中级法院和第二中级法院。由于中国专利局所在地理位置属于第一中级法院管辖范围，所以，以专利复审委员会为被告的专利行政案件仍归北京市第一中级法院管辖。
3.2014年8月31日，十三届全国人大常委会第十次会议表决通过《关于在北京、上海、广州设立知识产权法院的决定》。根据该决定，北京知识产权法院于2014年11月6日成立。原北京市第一、二中级法院管辖的知识产权纠纷案件均由知识产权法院管辖。
4.在2019年的机构改革中，专利复审委员会已撤销，变为专利局下属的的一个业务部门。
5.参见专利复审委员会耿博：《行政权应保证完整行使》，2015年1月13-14日在“专利复审与行政诉讼研讨会”上的发言。
6.“专利复审与司法审查”，载《中国知识产权报》，2006年3月22日。
7.参见2006年版《审查指南》第四部分“复审与专利无效请求的审查”第一张“总则”部分。
8.即2006年3月国家知识产权局专利复审委员会与最高人民法院民事审判第三庭、行政审判庭联合组织专家研讨会。
9.请注意，本案专利权被二审法院判决无效，而在再审审理中，专利权人经合法传唤仍不到庭参加诉讼。