杀菌剂作用机理分组是参考了国际杀菌剂抗性行动委员会（FRAC）分类规则，针对国内已登记农药有效成分进行的分组。对于具有多种作用机理的农药品种，以主要作用机理或作用位点进行分组编码。部分品种作用机理目前仍不明确，暂统一归入作用机理未知的类别。
按作用机理不同，结合国内外实际标准稿将杀菌剂作用机理分组混编为48组 ，详情见下表：