在专利许可中，经常会出现许可方要求被许可方承诺不得无效相关专利为条件，意思是你不要一边接受我的专利许可，一边还在无效我的专利。但这种做法是不符合法律规定的，无效专利是被许可方的法定权利，专利权人不能通过协议废除他人可以继续无效专利的权利。实践中，被许可方为了减少相应的专利许可费，经常不断地尝试无效对方的专利，指望着没准哪天真能无效，这样下次就不需要交纳许可费了。
专利权人也比较头疼这件事，所以尽管约定不准无效自己专利的条款在法律上无效，现实中这样的霸王条款还是经常出现在专利许可协议中。
但随着被许可方专利法律意识的增强，也意识到这种条款没有约束力，所以能无效的时候还是会无效，最多出于面子上的考虑，私下找个无关的第三人提交专利无效申请。
实践中越来越多的专利许可合同通过保密协议的形式来限制被许可方的无效请求。例如甲是专利许可人，乙是被许可人，甲起诉乙专利侵权，要求乙交纳一笔专利许可费，但这时乙经过检索后发现了多份可以破坏甲的专利的新颖性的对比文件，这些对比文件公众并不知晓，一旦无效请求提交上去，无效成功的概率比较大。
如果这件专利真的被无效了，对甲的损失肯定很大，但对乙也没有特别的好处，因为专利无效了，其他所有人都可以做相关产品了，乙的市场不确定性会增加很多。所以这时候最理想化的处理方式是甲可以给乙一个免费的专利许可，约定乙也不再无效甲的专利，这样的话市场均分，甲乙合伙将其他竞争对手拦在门外。
这时双方签订的协议不是约定乙不得无效甲的专利，而是约定乙不得公开找到的这几篇有力的对比文件。这样就避免了在协议上加上限制无效的条款了，而是通过保密协议限制住乙的无效能力。如果乙这时候依然拿着相关的对比文件去无效，就违反了保密协议，当然乙也没有动力去无效专利了，因为无效了自己也会损失。打个不恰当的比喻，这就相当于甲某天盗窃了一批宝藏，被乙发现了，甲为了防止乙走漏了风声，约定与乙平分宝藏。这种保密协议实质上将甲方的专利由单独持有变成了甲乙双方共有。
很多读者会认为这种保密协议可能作用不大，因为乙只要换一份对比文件就可以了。实际上这是很难的，对于特别难无效的专利，最关键的对比文件往往就那么一份，而且很难被发现。如果碰巧找到的一方不公开，其他人很大可能一直找不到。
那么这种保密协议有约束力吗？
如果这些对比文件可以确定无效这件专利，甲乙双方的保密协议实际上还是损害公众利益的。但关键的问题是这些对比文件还未经过国家专利机关或法院的确认，而且一方付出了很大的成本找到相关的对比文件，尽管对比文件是公开的文件，但是“知道这份对比文件能够无效相关专利”的信息可以是商业秘密，签订一份保密协议也是合理合法的。
对于这种保密协议的约束力，恐怕还需要法律或者相关的司法解释明确。