《中华人民共和国商标法》第六十八条第三款规定，商标代理机构违反诚实信用原则，侵害委托人合法利益的，应当依法承担民事责任，并由商标代理行业组织按照章程规定予以惩戒。商标代理机构理应尽谨慎注意义务，但其未经授权自行填写注销申请并递交行政部门，导致涉案注册商标被核准注销，属于违反诚实信用原则，损害委托人合法权益的行为，应受法律规制。

关于该代理机构法定代表人的责任，《中华人民共和国民法典》第六十二条规定，法定代表人因执行职务造成他人损害的，由法人承担民事责任。据此，通常情况下，法定代表人或者公司主要负责人对履行职务的行为不承担责任，但法定代表人并非对所有与公司经营活动有关的行为都不承担责任。如若该法定代表人明知法人实施的行为是侵权行为，且其自身积极参与侵权行为的实施，则该侵权行为既体现了法人的意志又体现了其法定代表人的意志，此时可以认定该法定代表人或者主要负责人与法人共同实施了侵权行为，应当依法承担相应的法律责任。

提示：代理机构未经授权擅自办理知识产权注销、变更等重要事项，属于严重违反诚实信用原则的行为，可能导致委托人知识产权权益受损，并需承担法律责任。委托知识产权代理机构时，应仔细审核授权委托的范围和事项，明确双方权利义务，避免纠纷。