本发明公开了一种防控香蕉枯萎病的生物制剂和方法。该方法包括针对香蕉枯萎病菌热带4号生理小种麦角甾醇生物合成过程中相关蛋白的基因或其相似基因进行基因沉默调控。防控香蕉枯萎病的生物制剂的其活性成分包括针对香蕉枯萎病菌热带4号生理小种麦角甾醇生物合成过程中相关蛋白的基因或其相似基因所构建的双链RNA干涉载体、反义RNA干扰载体或小分子RNA干扰载体，所述双链RNA干涉载体、反义RNA干扰载体或小分子RNA干扰载体能导致靶标编码基因沉默。本发明鉴定和验证了香蕉枯萎病菌生理小种早期发育的关键蛋白和重要的代谢途径，研究结果可作为新杀菌剂的开发和寄主植物诱导基因沉默培育抗病新种质的靶标位点。