本发明公开了一种防治小麦赤霉病的复配杀菌剂，所述复配杀菌剂包括氰烯菌酯与种菌唑，所述氰烯菌酯与种菌唑的重量比为1～40∶40～1时，对小麦赤霉病菌生长的抑制具有协同增效作用。本发明还公开了上述的防治小麦赤霉病的复配杀菌剂在防治小麦赤霉病方面的应用，可显著提高防治小麦赤霉病的效果，延缓小麦赤霉病菌对氰烯菌酯的抗药性，兼治小麦白粉病、锈病和纹枯病，大幅降低了农药使用剂量、降低了成本、减少环境污染和农药残留、对环境友好。本发明为我国小麦赤霉病的抗性治理，增加社会、经济、生态效益将具有重要的现实意义。