本发明公开了一种含有敌瘟磷和嘧菌酯复配的杀菌组合物及其应用，所述杀菌组合物包括有效成分敌瘟磷和嘧菌酯，所述敌瘟磷和嘧菌酯重量配比范围是1：10—10：1。本发明还公开了含有敌瘟磷和嘧菌酯复配的杀菌组合物在防治水稻稻瘟病方面的应用。本发明的杀菌组合物与单剂相比该品种对水稻稻瘟病具有明显的增效作用，可显著提高防治效果；可以替代部分中高毒杀菌剂，减少用药量、降低环境污染和农产品的残留；可延缓水稻稻瘟病的抗药性产生。