本文主要以专利侵权民事事件审理程序为例，即程序审查终结后分审判庭的审理模式，依序加入“技术审查官”、初步心证公开、中间裁判等新元素，得按争点而分为不同的言词辩论阶段，并且加以善用中间裁判，解决中间争点，发展出“阶段化审理模式”。其核心在每一言词辩论阶段所需时间的次数，可以视具体个案而定，在前阶段的言词辩论，只是针对“申请专利范围之解释”、“专利有效性”及“落入与否”的技术争点为攻防，于后阶段的言词辩论，开始就“损害赔偿范围”及“排除侵害、防止侵害请求”为证据调查和攻防。整理如下表所示：
审理流程 | 内容 |
准备程序 | 整理、简化争点，并揭露于当事人。 确立调查证据的方法及顺序、订定审理计划，经当事人确认后进行。 |
第1阶段言词辩论 | 申请专利范围之解释 辩论后X日内，法院确定申请专利范围，并以言词或书面向当事人公开。当事人应依法院确定的申请专利范围，就嗣后专利有效性与侵权与否的争点进行攻防。 |
第2阶段言词辩论 | 专利有效性、侵权与否的审理 如非复杂，第二、三次准备程序可以合并。 专利有效性及侵权与否的审理，次序可以对调，视个案情形而定。 辩论后X日内，法院就专利有效性或侵权与否的判断公开心证。其方式可于辩论终结后定期宣判，并预向当事人说明： (1)如认定未侵权或专利无效，则为终局判决，驳回原告的诉讼。 (2)如认定有侵权（含专利有效），则为中间判决；判决后再定期进行损害赔偿的审理。 |
第1次宣判 | 如认定专利无效或不侵权，即为“原告之诉驳回”的终局判决。 如认定有侵权（含专利有效），则为中间判决。例如主文谕知： 一、系争专利申请专利范围第1、7项的专利权均没有应撤销的原因。 二、原告所主张系争产品并未落入系争专利申请专利范围第1项的专利权范围。 三、系争产品落入系争专利申请专利范围第7 项之专利权范围。 |
第3次（阶段）言词辩论 | 损害赔偿及排除侵害、防止侵害请求的审理 |
第2次宣判 | 本案终结 |
数据源：李维心、汪汉卿、蔡惠如，〈智慧财产法院专利诉讼有效性及损害赔偿之研究〉，《智慧财产及商业法院研究报告》。 |
综上，阶段化审理的前提，往往在准备程序阶段而未经当事人攻防之前，法院还没有形成相关专利有效性及落入与否的心证，且端看先审理专利有效性的争点或先审理侵权与否的争点，其审理次序要看具体个案而定。虽然会造成法官需要在不同时间点分次撰写裁判的缺点，但却具有双方攻防可聚焦、适时维护被控侵权人的营业秘密、提高被控侵权人的配合程度、于中间判决后有效促成和解等优点。
事实上，近日除了增订“专利法第60之1”关于“专利连结制度”的条文外，主管机关亦参考了日本、美国及德国等各国专利救济制度，提出相关修正重点如下：简化救济层级（不服专利专责机关就专利申请及专利权有效性等案件的审议决定，免经诉愿，迳提诉讼）、 诉讼制度的变革（由现在的行政诉讼改为民事诉讼程序）、专利申请权归属的争议（限以民事诉讼途径解决）以及放宽设计专利的优惠期间为12个月等。
但上述修正重点能否一一响应过去学界、实务界对于以下“（１）原告专利权人胜诉率偏低；（２）证据保全核准率偏低；（３）判决损害赔偿数额极低；（４）专利侵权诉讼案件出现大幅萎缩结果；（５）专利侵权诉讼中过度及恣意适用智慧财产案件审理法第16条民事庭自为判断知识产权有效性规定，是否仍需耗费宝贵税收维持智慧财产专责法院的必要？”种种问题的期待。就端看修正后实务运作效能而定。惟单就“简化救济层级”一项的构想而论，就有助于诉讼经济之实现。
来源：IPRdaily